Balai Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit (BTKLPP) Kelas I Makassar merupakan Unit Pelaksana Teknis di Lingkungan Kementerian Kesehatan yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Direktorat Jenderal Pencegahan & Pengendalian Penyakit, sebagaimana ditetapkan dalam Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 2349/Menkes/PER/XI/2011 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Bidang Teknis Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit.  Keputusan ini dikeluarkan dengan pertimbangan adanya perubahan pada organisasi dan tata kerja Direktorat Jenderal Pengendalian Penyakit dan Penyehatan Lingkungan sehingga perlu dilakukan penyesuaian pada Unit Pelaksana Teknis di bawahnya.  Perubahan ini juga mengingat Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 1144/Menkes/Per/VIII/2010 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Kesehatan.  

Berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 2349/ Menkes/ PER/ XI/ 2011 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Bidang Teknis Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit, BTKLPP Kelas I Makassar, mempunyai tugas melaksanakan:

1. Surveilans epidemiologi,
2. kajian dan penapisan teknologi,
3. laboratorium rujukan,
4. kendali mutu, kalibrasi,
5. pendidikan dan pelatihan,
6. pengembangan model dan teknologi tepat guna,
7. kewaspadaan dini dan
8. penanggulangan Kejadian Luar Biasa (KLB) di bidang pemberantasan penyakit menular dan kesehatan lingkungan serta kesehatan matra.

  Dalam melaksanakan tugas BTKLPP Kelas Makassar menyelenggarakan fungsi:

1. Pelaksanaan survelans epidemiologi;
2. Pelaksanaan analisis dampak kesehatan lingkungan (ADKL);
3. Pelaksanaan laboratorium rujukan;
4. Pelaksanaan pengembangan model dan teknologi tepat guna;
5. Pelaksanaan uji kendali mutu dan kalibrasi;
6. Pelaksanaan penilaian dan respon cepat, kewaspadaan dini, dan penanggulangan KLB/wabah dan bencana;
7. Pelaksanaan pendidikan dan pelatihan;
8. Pelaksanaan kajian dan pengembangan teknologi pemberantasan penyakit menular, kesehatan lingkungan, dan kesehatan matra;
9. Pelaksanaan ketatausahaan dan kerumahtanggaan BTKLPP